Namnet Beckomberga betyder ungefär 'de som bor vid bäcken' och är känt sedan 1300-talet. Under medeltiden bestod Beckomberga by av tre gårdar. På 1600-talet köptes två av gårdarna av familjen von der Linde. År 1689 blev dessa två gårdar frälsehemman och åtog sig då att hålla båtsman.

Under 1700-talet kom Beckomberga i familjen Stierncronas ägo och förblev så till år 1862 då det köptes av Anders Petter Löfström, som också är skaparen av Sundbybergs samhälle. År 1898 köptes gårdarna av tobaksfabrikören Knut Ljunglöf, som lät riva de gamla gårdarna och uppföra nya hus.
Stockholms stad köpte upp området av Robert Ljunglöf 1927 och införlivade det med staden.

Efter att området hade köpts av Stockholm stad bestämdes att ett mentalsjukhus skulle byggas där. Det byggdes 1929–1935 av arkitekten Carl Westman. Den första avdelningen öppnade 1932. Som mest rymde sjukhuset 2 000 patienter.
Sjukhuset lades ned 1995. Vissa av byggnaderna används numera till annan sjukvård, andra till friskola. En del av det gamla sjukhuset håller även på att byggas om till bostäder.